فهم علمی هر مکتب، فهم سره آن است، یعنی فهمی خالص، ناآویخته، تأویل ناشده، التقاط نازده،که ابعاد ماهوی مکتب مورد فهم محفوظ باشد. الهّیات قرآنی و محمدی و اوصیایی نیز مشمول همین قانون علمی است. و حفظ ارزش انسان به پیروی از همین روش حدگرایی در فلسفه هاست. در علوم ناقص و محدود تجربی و آزمایشگاهی نیز نباید انسان را در آنها محدود نگاه داشت، و از تکامل روز افزون تجربه نباید چشم پوشید، و نزدیک شدن تجربه را به واقعیت نباید ناممکن دانست، و از اوج توان درک انسانی-به مدد عقل و وحی- نباید غفلت کرد، و مقام انسان قادر بر «تأله» را نباید تا سطح انسانِ فقط سازنده ماشین افت داد.1

مکتب تفکیک، بر اهمیت عقل تاکید بسیار دارد و به تبع آیات و احادیث، تعقل را در مداربسته(یعنی مدارهای فلسفی) محدود نمی کند. بلکه به تعقل در مدار باز(مدار فطرت،مدار وحی) فرا می خواند. مکتب تفکیک نه تنها با عقل و تعقل مخالف نیست، بلکه با فلسفه و تفلسف نیز-که شعبه ای از فعالیتهای عقل بسری است- مخالف نیست. تأکید مکتب تفکیک بر 3 چیز است:

1-اهتمام تعقلی به فهم خالص،معارف وحیانی.

2-برخورد انتقادی و اجتهادی با مطالب فلسفی،نه برخورد تقلیدی و جمودآور.

3-پیروی از روش علمی اندیشیدن مستقل-در معارف- که مقتضای این روش-به طبع- تفکیک است، نه خلط و تاویل و امتزاج و التقاط. التقاط و امتزاج روشهایی کاملا غیرعلمی است و تاکید مکتب تفکیک برهمان روش علمی است در معارف،یعنی پرهیز از تقلید و خلط التقاط.

سپیده باوران.ص127

...به این حقیقت علمی باید اشاره کنیم، و هشدار دهیم که فلسفه عرفانی صدرایی از اصل و بنیاد فلسفه نیست، عرفان است. و نزد مطلعان روشن است. و شالوده اصلی آن که «اصالت و وحدت وجود» و معرفت آن است،موضوعی غیرفلسفی، و ماهیتةًعرفانی و شهودیاست. و اگر -باصطلاح-از حمل شایع صناعی بگذریم،به حمل اولی ذاتی، عرفان است، و شالوده های آن همواره مبتنی بر مبانی عقلی و نظامهای منطقی و عقلگرا نیست. و علت تفاوت فوق فاحشی که میان کتاب«شفا» و کتاب «اسفار» می بینیم از همینجاست.«شفا» فلسفه خالص است و مستند به دلایلی دارای صورت منطقی، لیکن «اسفار» فلسفه مستند به کشف شخصی است، که برای کسی حجیت ندارد. و دیگران هرگاه آن مطالب را بازگویند و بنویسند و بخوانند، مقلدی برای مدعی کشفند، نه محققی در عقلیات خالص.

پس اینگونه مطالب عقلی محض نیست. و اگر کسی با آنها مخالفت کند، کجا مخالفت با عقل کرده است؟ حتی «عقل فلسفی»، تا چه رسد به عقل عام بشری. و همچنین عقل رحمانی.

الهیات الهی-الهیات بشری.ص153

اگر تفکر اصیل قرآنی، و تعالیم کارشناسان راستین قرآن(و تعیین شدگان بوسیله خود آورنده آن)،بر جامعه حاکم باشد،می رسیم به مراحلی بلند از تعالی که«لاتَکُن عبدَ غیرِک،و قد جَعَلَک الله حُرّا).(سخن امام علی(ع)در نهج البلاغه)؛هیچگاه تن به بردگی مده،که خداوند تو را آزاد آفریده است». از نظر قرآن کسی برده به دنیا نیامده است اما اگر تفکر غیرقرآنی شد،می رسیم به متفکری چون ارسطو که میگوید:«طبقه بردگان در جامعه لازم است،تا کارهای پست را انجام دهند،و اشراف و نجبا بتوانند راحت زندگی کنند»(کتاب سیاست).و این است فاصله قرآن و غیرقرآن. و این است ضرورت تفکیک.

آنجا که خورشید می وزد.ص68